フォッサマグナミュージアムは、常設展示室を６つのエリアに分け、国石（日本を代表する石）認定のヒスイのほかアンモナイトなどの化石や水晶などの鉱物を展示、日本列島が誕生した際の大地の裂け目である「フォッサマグナ」（ラテン語で大きな溝）の成り立ちをシアターで紹介しています。また、フォッサマグナの発見者ナウマン博士の生涯についても紹介しています。
　館内には、ミュージアムショップが併設しており、糸魚川産のヒスイ製品をはじめとして、当ショップ限定の書籍やジオパークグッズ、オリジナルグッズなど取り揃えています。